Di wilayah perairannya Teluk Balikpapan juga ternyata menjadi habitat beberapa jenis satwa yang dianggap benar-benar terancam punah, yaitu Dugong. Bahkan satwa ini sempat diusulkan telah punah di bumi Kalimantan pada 1996, namum 4 tahun kemudian, Yayasan RASI (Rare Aquatiq Species Indonesia) menemukan denyut kehidupan liar mamalia itu di Teluk Balikpapan. Saelain itu keunikan satwa di Teluk Balikpapan kian mencengangkan, karena terdapat habitat satwa langka yang selama ini diketahui hanya hidup di ekosistem air tawar, yakni Pesut Mahakam. Pesut adalah jenis hewan mamalia yang sering disebut lumba-lumba air tawar yang hampir punah karena berdasarkan data tahun 2007, populasi hewan langka ini sisa 50 ekor saja dan menempati urutan tertinggi satwa Indonesia yang terancam punah. Secara taksonomi, Pesut Mahakam adalah subspesies dari pesut (Irrawaddy Dolphin). Selama ini popolasi satwa itu diketahui hanya terdapat di Sungai Mahakam, Sungai Mekong, dan Sungai Irrawaddy. Populasi Pesut d